第四军医大学和新疆大学虽然都是全国重点大学，但是两所学校不属于同一体系。第四军医大学确实是一所211工程大学，而且也确实专门教研医学的高校，但他也确实是一所军事院校，只是部分专业面向地方招生而已。新疆大学则是地方性高校，而且属于多学科并进的综合性大学，两所学校在这方面略有差异。
第四军医大学，属于专类高校，优势主要集中在医学方面，而在医学诸多领域中，其最擅长的方向，则是口腔医学，这方面他几乎同四川大学华西医学部相提并论了。多年来，第四军医大学在口腔方面的威名极高，而且属于口腔医学全领域教育，不仅仅涉及牙科，还有其他配套科目，实力都非常强。当然，在军事口腔医学方面全国第一，而且涉及多个配套学科也是第一。
第四军医大学，并不是普通意义的医学院校，他涉及面比较广，不仅有西医，还要中药；不仅教研普通医学，还要搞军事医学，如军人精神障碍，就需要神经病理和医用心理学部分；战伤烧伤创面修复，尤其是面部修复方面实力突出，这个方向类似大家熟悉的整容手术，不过难度远大于整容。再如战场中搜救战友，必须要雷达是生命探测装备等，这都是第四军医大学的教研范围，实力极为强劲。
新疆大学是一所解放后成立的高校，2000年又合并了新疆工学院，使得学校成为一所多学科并进的综合性大学。新疆大学在多种语言处理方面实力较强，这个方向虽然看着不起眼，实际直接关系网络安全，社会稳定和国家安全。总体来看，新疆大学综合实力要胜过第四军医大学一些，毕竟新疆大学是世界一流大学建设高校，而第四军医大学是一所世界一流学科建设高校。
